Les équipes Bibliome et Migale de l’unité INRAE-MaIAGE en collaboration avec le projet ENovFood du métaprogramme MEM proposent le service en ligne Florilège destiné aux microbiologistes pour l’étude des phénotypes et habitats microbiens.

Florilège donne accès à un ensemble d’informations extraites, structurées, agrégées et normalisées à partir de sources externes : publications scientifiques, bases de données génétiques et centres de ressources biologiques. L’analyse sémantique de ces sources est réalisée à grande échelle par des algorithmes d’IA et de fouille de textes implémentés dans la plateforme Alvis de l’équipe Bibliome. Les données sont fusionnées à l’aide de l’étiquetage sémantique basé sur l‘ontologie OntoBiotope pour les habitats (produits alimentaires de Foodex2), phénotypes et usages, et la taxonomie du NCBI.

Une nouvelle version mise en ligne aujourd’hui intègre:

• 63 534 relations taxon – habitat issues de l’analyse de GenBank
• 19 503 relations taxon – habitat issues de l’analyse de BacDive (DSMZ)
• 639 relations taxon – habitat issues de l’analyse du CIRM BIA
• 568 606 relations taxon – habitat issues de l’analyse de PubMed
• 43 707 relations taxon – phénotype issues de l’analyse de PubMed
• 10 358 relations taxon – use issues de l’analyse de PubMed

 

Elle fait l’objet d’un poster présenté du 30 juin au 2 juillet 2020 à Jobim (Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique).

Claire Nédellec / Directrice de Recherche, responsable de l’équipe Bibliome